Snakemake CLI ile bir yapılandırma değeri olarak değişken uzunlukta dizi bildirmek

oy
2

I (bir kardeş veya analize dahil edilebilir veya edilmeyebilir, bu özel örnekte), üst düzey yapılandırma girişlerinin bir değişken büyüklükte bir dizi olan bir Snakemake akışı vardır. Şu anda aşağıdaki yapılandırma dosyası kullanıyorum.

{
    case: /scratch/standage/12175/BAMs/12175.proband.bam,
    controls: [
        /scratch/standage/12175/BAMs/12175.mother.bam,
        /scratch/standage/12175/BAMs/12175.father.bam
    ]
}

Ben snakemake biri olan komut satırında yapılandırma seçenekleri belirlemenizi sağlar biliyorum --configbayrak. Yana casedeğeri tek dizidir bu komut satırında yapmak için Önemsiz. Ama ne hakkında controlsdeğere (ler)? O komut satırında yapılandırma seçeneklerden biri olarak değerlerini tutan bir dizi / listesini iletmek mümkün mü?

Oluştur 27/11/2018 saat 18:15
kaynak kullanıcı
Diğer dillerde...                            


2 cevaplar

oy
1

o komut satırında yapılandırma seçeneklerden biri olarak değerlerini tutan bir dizi / listesini iletmek mümkün mü

Bunun doğrudan mümkündür şüphe, ama sen Snakefile içine listelemek için bölünmüş boşluk (veya virgül veya her ne ise) ayrılmış değerler bir alıntı dize geçebileceği:

snakemake -C controls='control1 control2 ...'

Sonra Snakefile içi:

controls= config['controls'].split(' ')
Cevap 29/11/2018 saat 07:19
kaynak kullanıcı

oy
0

Alternatif bir çözüm şöyle komut satırında değişkenleri geçmek olacaktır ...

snakemake --config case=proband.bam control1=mother.bam control2=father.bam

... ve sonra Snakefile dinamik yapılandırma ayarlarını ayrıştırmak için. Örneğin, normal bir ifade ile eşleşen bir yapılandırma temel control\d+bir kontrol numunesine karşılık gelir.

Bu yüzden mümkün, ama bir streç biraz ve yapılandırma dosyası muhtemelen daha iyi / daha temiz seçenektir.

Cevap 30/11/2018 saat 15:21
kaynak kullanıcı

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more